Во-первых, Thunar из git версии нормально отображает и монтирует шары. С паролем пока не пробовал, т.к. нет под рукой такой шары. Замечено вот что — те шары, что gvfs примонтировала, нигде в самом Thunar-е не отображаются, и отмонтировать их можно только в командной строке, сначала
gvfs-mount -l
gvfs-mount -u smb://server/share
Надеюсь, что поправят.